商业秘密案件中往往涉及到复杂的专业技术和损失计算问题，因此在商业秘密案件中委托鉴定机构鉴定的情况比较常见。但在司法实践中，商业秘密相关鉴定比较混乱，已经成为一个亟待厘清的问题。
一、商业秘密案件需要鉴定的问题
从以往法院判例来看，商业秘密案件需要进行的鉴定主要包括“非公知性鉴定”、“同一性鉴定”、“损失数额鉴定”三种。
（一）“非公知性鉴定”: 商业秘密权利人所主张的技术或经营信息是否具有秘密性，即是否为公众所知悉，是商业秘密侵权行为是否成立的关键。司法人员熟悉和掌握的是法律的知识和证据运用规则，对物理、化学、材料、生物、信息技术等专业学科往往缺乏专门的知识，很难判断信息是否属于非公知信息，必然要借助专业人员和专业机构来完成，因此“非公知性鉴定”几乎成为商业秘密案件必不可少的步骤。
（二）“同一性鉴定”：在确定技术信息或经营信息非公知性后，下一个需要认定的问题是权利人与侵权人的信息是否同一，而同一认定同样需要专业人员和专业机构的参与，一般情况下司法人员很难做出准确和科学的认定，因此“同一性鉴定”也几乎每案必做。
（三）“损失数额鉴定”：在民事案件中，权利人损失数额与损害赔偿数额紧密相关，在刑事案件中，损失数额是罪与非罪的重要标准，也是司法机关追赃和侵权人退赔的重要依据。损失额的计算往往需要账目审计、市场调查等财务专业知识，没有专业人员与专业机构的参与很难完成，因此“损失数额鉴定”在绝大多数商业秘密案件中不可或缺。
二、商业秘密案件鉴定的现状及改进建议
（一）我国目前的鉴定体制
为了规范司法鉴定活动，2005年，全国人大常委会作出《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》（以下简称《决定》），对从事司法鉴定业务的鉴定机构和鉴定人实行登记管理制度，明确法院和司法行政部门不得设立鉴定机构，公安、检察等机关设立的鉴定机构，不得面向社会接受委托从事司法鉴定业务。但由于《决定》配套制度的滞后，司法行政部门登记管理的鉴定机构、鉴定人难以完成全部鉴定事项，导致我国目前仍然存在几套并行的鉴定机制。
1、经司法行政机构许可的鉴定机构和鉴定人：依据《决定》，国家对从事下列司法鉴定业务的鉴定人和鉴定机构实行登记管理制度：(一)法医类鉴定;(二)物证类鉴定;(三)声像资料鉴定;(四)根据诉讼需要由国务院司法行政部门商最高人民法院、最高人民检察院确定的其他应当对鉴定人和鉴定机构实行登记管理的鉴定事项。但是，直到目前，需要司法部商最高法、最高检确定的其他应当对鉴定人和鉴定机构实行登记管理的鉴定事项仍未商定。因此，包括商业秘密鉴定业务在内的其他司法鉴定事项并未纳入司法行政部门的登记管理范围。
2、公安、检察机关内部的鉴定机构和鉴定人：此类鉴定机构和鉴定人大都设在公安局、检察院下属的刑事技术或物证技术部门，由公安部及最高检登记管理，不需要司法行政部门许可审批，鉴定范围主要为法医、物证及声像资料，一般不开展涉及商业秘密的鉴定工作。
3、人民法院认可的鉴定机构和鉴定人：最高法于2001年至2004年先后发布了《人民法院司法鉴定工作暂行规定》《人民法院对外委托司法鉴定管理规定》《人民法院司法鉴定人名册制度实施办法》等规定，明确人民法院经事前审查、批准、公示程序，将自愿接受法院委托鉴定的鉴定人(含自然人、法人)列入本级法院的鉴定人名册;经批准列入人民法院司法鉴定人名册的鉴定人，在《人民法院报》上予以公告，但法院名册中的相当一部分司法鉴定机构并未取得司法部门核准颁发的《司法鉴定许可证》。在商业秘密案件诉讼中，法院根据人民法院司法鉴定人名册来委托鉴定人和鉴定机构，其权威性和公正性备受质疑。
4、其他专业检验、检测、认定、评估机构：由于社会丰富多样，专业分工越来越细，各类学科庞杂，实践中还存在需要委托鉴定的事项既不在司法行政部门公告的名册之中，也不在人民法院公告的名册之中，但是由于诉讼活动的需要，必须对相关专门性问题进行鉴定，还需聘请其他检验、检测机构开展检验鉴定工作，这些机构出具的意见在诉讼中也备受质疑。
（二）商业秘密鉴定的现状及改进建议
1、对于“非公知性鉴定”和“同一性鉴定”，既存在经司法部门登记管理从事商业秘密鉴定的司法鉴定机构，又存在没有经司法部门登记管理，但在法院公告的鉴定人名册中的商业秘密鉴定机构，还存在在司法部门登记管理和法院名册两者之外的鉴定机构，具体该如何选择并无统一标准，有时不同的鉴定机构甚至可能出具相互矛盾的鉴定意见。
笔者认为，要解决上述问题，一是司法部要尽快商最高法、最高检明确将知识产权（包括商业秘密）鉴定纳入司法行政部门登记管理的范围，实行许可制；二是法院公告的鉴定人名册中的商业秘密鉴定机构及鉴定人应当都纳入到司法部门登记管理的范围，限定时间到司法部门完成许可登记，否则从公告名册中去除；三是在过渡期间，当不同机构对同一事项出具鉴定意见时，应当规定经司法部门登记管理的鉴定机构出具的鉴定意见证明力最高，法院名册中未经司法部门登记管理的鉴定机构出具的鉴定意见次之，在司法部门登记管理和法院名册两者之外的鉴定机构出具的鉴定意见证明力最弱。
2、对“损失数额鉴定”，目前既存在经过司法部门登记管理从事司法会计的司法鉴定机构，又存在没有经司法部门登记管理，但是经过财政部门登记管理从事审计、评估、作价等业务的会计师事务所、审计师事务所、资产评估公司。司法实践比较混乱，民事案件中，法院大多从公告名册中选定，刑事案件中，公安往往从政府采购确定的名录中选取。
笔者认为，司法程序中涉及的损失数额鉴定与商业活动中的损失数额评估还不完全一样，司法诉讼有自身的规则和特点，司法会计也有不同于一般商业估价的要求。因此，在商业秘密案件中，对损失数额的鉴定应当选择经司法部门登记管理有司法会计资质的机构来完成，法院及公安局名册中还未在司法部门登记管理的机构，应当限时到司法部门申请司法会计许可。
三、商业秘密鉴定中几个常见的问题
（一）关于密点确定的问题：确定密点是非公知性鉴定的基础，非公知性鉴定的对象主要是密点，所谓的非公知实际上是指密点的非公知，因此确定密点是商业秘密鉴定的第一步。密点的确定主要是由商业秘密权利人来组织完成，就是要总结提炼出技术信息、经营信息中的独到之处。密点的确定必须准确，不能将通用信息或他人可能掌握的信息纳入，否则就可能影响非公知性的认定。
（二）关于委托主体问题:商业秘密诉讼案件中，司法鉴定应当由谁来委托，是案件当事人，还是司法机关？笔者认为，在民事案件中，商业秘密鉴定应当以当事人委托为原则，法院委托为补充。具体说，应当由权利人来委托，侵权人如对鉴定意见有异议的，也可委托鉴定；如双方提交的鉴定意见相矛盾，人民法院可以委托或指定鉴定机构。在刑事案件中，商业秘密鉴定应当由司法机关委托，不能由权利人或侵权人来委托。实践中，有的公安机关要求权利人（报案人）要先提交鉴定意见，否则不受理案件，这种做法是不符合法律规定的。
（三）关于经营信息鉴定问题：商业秘密包括技术信息和经营信息，经营信息侧重于在经营管理中的经验、积累、策略，如客户名单、财务资料、货源情报、供应商名录、价格策略、招标投标文件等，一般不涉及专业技术和知识的问题，司法人员根据逻辑规则及双方提交的相关证据，结合日常生活经验、常识就能够加以判断，往往不需要进行鉴定。只有在司法人员难以判断时，才需要进行司法鉴定。