电磁流量计稳定性比较高，一般很少发生故障，但由于环境条件的变化或安装工况条件所限。
也可能发生一些问题或故障，应该加以解决或避免，大致主要表现为以下几种情况：
1、被测水的流速过低，由此影响测量的精度。特别是在一些区域边界安装的电磁流量计，由于处于区域公司管网末梢，压差小而造成流速过低。其解决办法是尽量开启边界两边阀门。
2、没有满足流量计的安装条件，电磁流量计对管道的直管段要求较高，在新建水厂设计时可以尽量满足，而对老水厂改造或加装来说，以上条件就变得几乎苛刻。由此影响了测量稳定性。其解决方法为加装整流管以改善流动特性。
3、安装在原水管道中电磁流量计的传感器电极表面被淤泥沉积污染，影响测量。其解决方法为选用自动清理式电极，并定期进行维护清洗。
4、管道水中有气，造成电磁流量计测量波动大影响稳定性。其解决办法要设法找到气的来源并加以解决，必要时在管道中加装排气阀。
5、电磁流量计入口管道中异物堆积，造成被测水体流动特性突变由此影响测量精度造成较大的误差。其解决方法为及时清除管道中堆积的异物。
6、雷击造成电磁流量计的转换器损坏，以致无法测量。其解决办法为在转换器信号输人端、励磁电流输人端和工作电源端分别加装相应的避雷器。
电磁流量计在运行中常见的故障有两种：一是仪表本身故障， 即仪表结构件或元器件损坏引起的故障；二是由外部原因引起的故障，如安装不妥流动变化、沉积和结垢等。